Родился в 1975 году в музыкальной семье. Обучался в специальной музыкальной школе при Консерватории Санкт-Петербурга, затем в Париже в Высшей Национальной Консерватории (класс Алена Мариона), где на выпускных экзаменах получил первый приз. Закончил аспирантуру Высшей школы музыки в Мюнхене (класс Андраша Адорьяна) в 2002 году. С 1998 года – солист оркестра Мариинского театра.
В 1993 году Денис Лупачев стал лауреатом фестиваля "Виртуозы 2000", в 1997 году получил специальный приз жюри международного конкурса флейтистов в Кобе (Япония), в 1999 году стал победителем международного конкурса "Leonardo de Lorenzo" (Италия).
Выступал как солист с Владикавказским симфоническим оркестром, оркестром "Санкт-Петербург Камерата", а также с оркестром Мариинского театра с такими дирижерами как Туган Сохиев и Михаил Агрест. С 2010 года активно сотрудничает с Государственным академическим камерным оркестром (Москва) и Камерным оркестром Новосибирской филармонии.
Ведет активную сольную концертную деятельность как в России так и в Европе, Японии и США, включая музыкальные фестивали – "Saimaa Music Festival" (Финляндия) в 2002 году, "Musicare" Реджио Эмилия (Италия) в 2001 году, "Leonardo De Lorenzo "Виджиано (Италия) и "Музыкальный Олимп" Санкт-Петербург (Россия) в 2000 году. В 2002 году выступал на фестивале "Звезды белых ночей" с дирижером Джанандреа Нозеда в программе, включающей очень редкое исполнение "Concerto Grosso №1" Альфреда Шнитке в версии для флейты и гобоя (Алексей Огринчук), сделанной для Вячеслава Лупачева, отца Дениса. В 2005 году исполнял с Борисом Тищенко его концерт для флейты, фортепиано и оркестра в рамках фестиваля « Русская зима» (Москва).
С 1998 года Денис Лупачев возглавляет ансамбль "Солисты Мариинского театра", который выступает по всему миру, в том числе в Париже в Théâtre du Chatelet, в Эйлате на "Фестивале Красного моря" и на "Музыкальном фестивале в Миккели". Ансамбль записал два диска, работая над которым, Денис Лупачев выступил в качестве руководителя, продюсера и солиста.
С 2004 по 2007 год преподавал в Санкт-Петербургской Государственной Консерватории. Дает мастер классы в России и Италии. С 2007 года участвует в проекте « Река талантов», созданного для поддержки молодых музыкантов «Санкт- Петербургским домом музыки».
